Beethoven consideraba La flauta mágica como la obra maestra de Mozart. Wagner expresó la misma idea. Para muchos musicólogos, en esta obra «cada individuo y cada generación encuentran algo distinto: sólo a quien es simplemente cultivado, o al puro bárbaro, ha flauta mágica no dice nada».
No obstante, sin duda el simbolismo masónico constituye el leitmotiv de esta obra. Desde hace años, los especialistas se preguntan acerca de las motivaciones que llevaron al gran músico, que vivía sus últimos días (Mozart murió en 1791, año del estreno de ha flauta mágica) a musicalizar un texto tan denso en símbolos y no siempre interpretable según un único punto de vista. Para algunos, ha flauta mágica representa el auténtico testamento de ópera del gran compositor; para otros, expresaría su necesidad de introducir el mito en una obra «todavía racional y, sin embargo, ya anunciadora del romanticismo».
En el libreto, de E. Schikaneder, podríamos encontrar las influencias de esa tradición mítica egipcia tan apreciada por la francmasonería. Según Massimo Mila, el terreno a partir del cual adquirió forma y sustancia La flauta mágica fue la novela francesa Sethos, publicada en París en 1731 y escrita por el abad Jean Terrasson (1670-1750).
[...] era un texto sobre los misterios de Egipto. Las analogías con la acción de La flauta mágica son evidentes, aunque algunos pongan en duda su influencia, y en dos ocasiones el libreto de Schikaneder extrae citas literales. El tema de Sethos es la educación de un príncipe sabio, que vivió cien años antes de la guerra de Troya, y comprende una introducción a los misterios, descrita con una gran exactitud.
La obra presenta dos claves de lectura: una más superficial, una verdadera fábula para los espectadores poco proclives a la reflexión sobre los símbolos, y otra más cercana a la dimensión esotérica y, por tanto, destinada a espectadores atentos a los signos herméticos y para quienes la francmasonería adquiere un papel importante.
Una lectura profunda de la obra y la búsqueda de relaciones con la historia contemporánea han llevado a Massimo Mila a considerar que La flauta mágica es, en realidad:
Una queja velada sobre el destino de la asociación secreta. Hay que ver en Tamino al propio José II (que pertenecía a la francmasonería, a diferencia de Leopoldo II, que le fue hostil); en Pamina, al pueblo austríaco; en Sarastro, al gran sabio francmasón Ignaz von Born, ex jesuíta, fundador en 1781 de la logia vienesa «Zur wahrer Eintracht» («A la auténtica concordia»), fallecido en Viena el 24 de julio de 1791, en el mismo momento en que se componía la obra. Según esta interpretación fantasiosa, que nos viene del teólogo y francmasón Moritz Alexander Zille (1814-1872), en una publicación de 1866, la Reina de la Noche sería la encarnación de la emperatriz María Teresa, y el malvado Monostato, el clero, sobre todo los monjes y los jesuítas, o bien Léopold Aloys Hoffmann, francmasón renegado que en 1792 intentó convencer al emperador de un revolución orquestada por los francmasones.
La trama de la flauta mágica
En resumen, la acción se desarrolla en un Egipto antiguo imaginario. Tamino, perseguido por una gran serpiente, es salvado por tres damas y por la Reina de la Noche. Sin embargo, no se da cuenta de ello, y Papageno, que entra en ese momento en escena, aprovecha para hacerle creer que lo ha salvado él. Enseguida es desenmascarado por las tres damas, que muestran a Tamino el retrato de Pamina, raptada por el mago Sarastro. La Reina de la Noche, madre de Pamina, pide a Tamino que la salve: si lo consigue, podrá casarse con ella. En su aventura, Tamino será acompañado por Papageno. El castillo del mago posee tres puertas (Razón, Naturaleza y Sabiduría); la tercera se abre tras una serie de acciones que conducen a la liberación de la joven. Luego Tamino y Pamina entran en el templo de la prueba. Entonces tienen lugar varios acontecimientos, que, como en un recorrido iniciático, llevan a los dos personajes a adquirir conciencia de que sólo la vía del amor permite alcanzar la auténtica felicidad. Todo ello, enriquecido con una serie de símbolos egipcios que contribuyen a conferir un ambiente en ocasiones misterioso y siempre repleto de fantasía.


